Plugin QGIS
457 lignes,
ou 287 espèces ?
Nous publions gratuitement une extension QGIS qui liste les espèces d'une couche naturaliste sans doublon. Elle regroupe sur le CD NOM plutôt que sur le nom écrit — et c'est toute la différence. Code ouvert, licence libre, rien d'autre à installer que QGIS.
Le problème
La même espèce, écrite de quatre façons
Dans une base d'observations saisie par plusieurs personnes sur plusieurs années, le nom scientifique porte tantôt son auteur et sa date, tantôt non. Un regroupement sur le nom compte alors deux espèces là où il n'y en a qu'une.
Mesuré sur une base réelle de terrain : les oiseaux passent de 457 lignes à 287 espèces, les chiroptères de 108 à 35.
Ce qu'il produit
Espèces
Une ligne par espèce : nom scientifique, nom vernaculaire, CD NOM, nombre d'observations, et les colonnes supplémentaires de votre choix — les statuts de protection, par exemple.
À vérifier
Chaque arbitrage rendu, chaque ligne écartée. Ce n'est pas un journal technique : c'est la liste des corrections à porter dans votre base.
Les arbitrages
Il décide, et il le dit
Une base de terrain n'est jamais propre. L'extension tranche, mais elle écrit chacune de ses décisions au lieu de les enfouir.
| Ce qu'elle rencontre | Ce qu'elle fait |
|---|---|
| Un CD NOM mal saisi scinde une espèce | Rattache au code majoritaire, et le signale |
| Un nom vernaculaire diverge sur quelques lignes | Retient la majorité, signale l'écart |
| Aucun nom scientifique sur la ligne | Écarte la ligne, et la compte |
| La couche porte un groupe biologique | Permet de n'extraire qu'un groupe |
| La couche n'en porte pas | Ne pose pas la question |
Ce qu'il refuse de confondre
Plecotus sp., Myotis blythii/Myotis myotis, « Gr. Sérotule » ne sont pas des doublons : ce sont des déterminations incomplètes. Elles sont conservées, dans une colonne à part, et ne sont pas comptées comme des espèces.
Installer
- Depuis QGIS — Extensions, Installer/Gérer les extensions, chercher « Liste d'espèces ».
- Depuis le dépôt — télécharger le dossier liste_especes, le compresser en ZIP, puis Extensions, Installer depuis un ZIP.
- Ensuite — l'outil apparaît dans Traitement, Boîte à outils, groupe « Liste d'espèces ». Il n'ajoute ni menu ni barre d'outils.
Compatible QGIS 3.22 et QGIS 4, sur Mac comme sur PC.
Pourquoi c'est gratuit
Cet outil est né d'un besoin de nos propres chantiers : une base de plusieurs milliers d'observations dont il fallait tirer une liste d'espèces juste, et vérifiable. Il n'avait pas vocation à être vendu, et il rend service à tous ceux qui travaillent la donnée naturaliste française.
Il est publié sous licence GPL : le code est lisible, réutilisable et modifiable. Si vous y trouvez un défaut ou s'il vous manque une colonne, ouvrez un ticket sur le dépôt — c'est ainsi qu'il s'améliorera.
Nos prestations cartographiques et notre moteur d'analyse, eux, sont décrits ailleurs sur ce site.